Análise de retenção de introns mínimos em células de câncer de próstata (2021)
- Authors:
- USP affiliated author: SANTOS, JOÃO PAULO CASSUCCI DOS - IFSC
- School: IFSC
- Subjects: INTRONS; NEOPLASIAS PROSTÁTICAS; BIOINFORMÁTICA
- Language: Português
- Abstract: Neste projeto, buscou-se analisar o fenômeno da retenção intrônica em tecidos cancerosos da próstata, com ênfase nos íntrons caracterizados como mínimos (<= 112 pares de bases). Já é amplamente conhecido que células cancerosas têm uma maior taxa de íntrons retidos de forma geral quando comparadas com células saudáveis originadas do mesmo tecido. Experimentos de RNA-Seq de amostras extraídas de pacientes (tumor e normal adjascente) foram alinhados ao genoma humano, seguidos de um filtragem de baixas coberturas de leitura e depois obtido um parâmetro indicativo de retenção intrônica conhecido por IRratio. As distribuições dos limiares para o tamanho de íntrons míınimos e para o seu conteúdo GC (guanina-citosina, em %) foram obtidas através de métodos de regressão gaussiana e Kernel Density Estimation respectivamente, permitindo a classificação dos resultados em três populações distintas: HMiG (genes com introns míınimos e alto %GC), LMiG (genes com introns míınimos e baixo %GC) e woMiG (genes sem introns míınimos). Em seguida, por meio de análises de distribuição através de boxplots e testes de Qui Quadrado, verificou-se que as populações possuem níıveis de retenção intrôonica distintos, que a retenção ocorre com maior frequência nas amostras cancerosas e que o nível de retenção para a população HMiG ficou abaixo do esperado. Como última análise, os termos de Gene Ontology dos genes que tiveram uma retenção diferencial maior nos tecidos cancerosos foram colocados em tabelas e tiveram suas implicações biológicas analisadas. Chegou-se a conclusão que retenção intrônica em câncer está associada com vias metabólicas responsáveis por splicing e síntese de mRNAs, além de questões estruturais envolvendo lamininas e questões de sinalização e motilidade por meio de interferências em semaforinas. Uma correlação positiva foi observada entre o aumento de RI e genes que codificam paraprocessos de aumento na transcrição, tradução e enovelamento proteicos. Este trabalho abre novas perspectivas de estudos sobre os efeitos e as adaptações celulares que resultam do aumento de RI em câncer
- Imprenta:
- Place of publication: São Carlos
- Date published: 2021
-
ABNT
SANTOS, João Paulo Cassucci dos. Análise de retenção de introns mínimos em células de câncer de próstata. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos, 2021. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/856bd085-2d8d-4bed-bf08-fa2ee4f832a5/TCC%20Jo%C3%A3o%20Paulo%20Cassucci%20dos%20Santos.pdf. Acesso em: 12 maio 2024. -
APA
Santos, J. P. C. dos. (2021). Análise de retenção de introns mínimos em células de câncer de próstata (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/856bd085-2d8d-4bed-bf08-fa2ee4f832a5/TCC%20Jo%C3%A3o%20Paulo%20Cassucci%20dos%20Santos.pdf -
NLM
Santos JPC dos. Análise de retenção de introns mínimos em células de câncer de próstata [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 12 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/856bd085-2d8d-4bed-bf08-fa2ee4f832a5/TCC%20Jo%C3%A3o%20Paulo%20Cassucci%20dos%20Santos.pdf -
Vancouver
Santos JPC dos. Análise de retenção de introns mínimos em células de câncer de próstata [Internet]. 2021 ;[citado 2024 maio 12 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/856bd085-2d8d-4bed-bf08-fa2ee4f832a5/TCC%20Jo%C3%A3o%20Paulo%20Cassucci%20dos%20Santos.pdf
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